Shinobido 2: Revenge of Zen a jest bezpośrednią kontynuacją gry Shinobido: Tales of the Nina, wydanej w 2006 roku na konsolę PSP i stworzonej przez japońskie studio Aquire. Pierwsza część tego cyklu ukazała się w 2005 roku na PS2. Poza serią Shinobido, Aquire znane jest także z produkcji gier z serii Tenchu czy Way of the Samurai.
Fabuła gry rozpoczyna się w pół roku po wydarzeniach z znanych z Shinobido: Tales of the Nina. Gracze wcielają się w wychowanego przez klan Asuka, opuszczonego przez przyjaciół i sojuszników, wojownika ninja o imieniu Zen. Akcja gry, rozgrywająca się w XVI-wiecznej Japonii, przenosi nas do fikcyjnej prowincji Utakata, stojącej na krawędzi wojny domowej pomiędzy wrogimi frakcjami i arystokratycznymi rodami.
Głównym zadaniem graczy jest wykonywanie kolejnych zleceń i misji, które w większości wymagają cichej i szybkiej eliminacji konkretnych osób lub dostarczania wiadomości bądź paczek. Zadania wykonujemy odwiedzając zamki i rezydencje potężnych feudalnych władców, ale również świątynie i miasta. Lokacje, co charakterystyczne dla gier z serii, są wyjątkowo rozległe i wielopoziomowe. Ich projektanci pozwalają graczom na wynajdowanie i korzystanie z wielu ścieżek i dróg, którymi można podążać do celu.
W czasie rozgrywki, Zen musi zachować czujność, unikać wzroku nieprzyjaciół i starać się nie zwracać na siebie uwagi. Nasz bohater może ukrywać się w cieniu, wspinać się i biegać po dachach, a także korzystać z umiejętności i używać wielu specyficznych narzędzi, broni czy pułapek, znanych jedynie wojownikom ninja. Wrogów pokonujemy najczęściej od tyłu lub z zaskoczenia. Jeżeli pierwsze uderzenie się nie powiedzie, a strażnicy zostaną zaalarmowani o naszej obecności, możemy spróbować walczyć lub uciec i ukryć się przed pościgiem.
Shinobido 2 wykorzystuje przedni ekran dotykowy konsoli, dzięki czemu możemy intuicyjnie sterować kamerą oraz szybciej namierzać przeciwników i zadawać im zabójcze ciosy. Każdy z wrogów oznaczony jest specyficzną ikoną widoczną na ekranie gry, która po dotknięciu i przeciągnięciu pozwala nam zwrócić kamerę jego w stronę. Kolor ikony zmienia się w zależności od tego czy cel zdaje sobie sprawę z naszej obecności czy pozostaje w błogiej nieświadomości. Dotykając ekranu, możemy również włączyć mapę lub przełączyć się do widoku z oczu bohatera.