Shinobi to unowocześniona wersja słynnej dwuwymiarowej gry zręcznościowej, doskonale pamiętanej przez entuzjastów klasycznych automatów salonowych z drugiej połowy lat osiemdziesiątych XX wieku. Tytuł ów stanowi de facto synonim słowa ninja i określa osobnika, który jest zamaskowany i przetrwa. Właśnie takim jawi się główny bohater, znany bliżej jako Hotsuma.

Akcję umiejscowiono w Tokio, a wspomniany awanturnik pełni tu funkcję przywódcy Klanu Oboro i musi wziąć na piekielnych demonach krwawy odwet za wymordowanych towarzyszy. Pierwszoplanowym narzędziem zemsty jest miecz, chociaż w walce dystansowej nieocenione okazują się shurikeny, czyli charakterystyczne metalowe „gwiazdki”. Oczywiście developerzy zaimplementowali mnóstwo rozmaitych form ataku i obrony, więc odkrycie i zastosowanie w praktyce wszystkich dostępnych kombinacji dostarcza sporo frajdy. Oprócz wyładowywania złości na różnej maści wrogach można także niszczyć wybrane elementy otoczenia, dzięki czemu nierzadko odkrywa się tajne przejścia, legendarne przedmioty etc.

Ponieważ Hotsuma posiada odpowiednie przygotowanie fizyczne, żadnego problemu nie stanowią dla niego nienaturalnie wysokie skoki, błyskawiczne uniki, a nawet ekwilibrystyczne sztuczki w rodzaju biegania po ścianach. Doskonałą kontrolę nad postacią bohatera zapewnia nie tylko dopracowany system sterowania, lecz również bezbłędne funkcjonowanie wirtualnej kamery, ukazującej bardzo szczegółowy trójwymiarowy świat z perspektywy trzeciej osoby.