Historia rozpoczyna się w momencie, w którym, po pięciu tysiącach lat nieobecności, na Ziemię powraca magia. Startujemy konkretnie 12 grudnia 2012 roku, w dniu, który według kalendarza starożytnych Majów, ma być początkiem końca świata. Wtedy właśnie, jedna z wielkich korporacji prowadzących działania na terenie Brazylii, powoduje bliżej nieokreślony wypadek, którego konsekwencją jest pojawienie się tajemniczego zigguratu, do tej pory ukrytego we wnętrzu góry. Razem z magiczną piramidą ujawniają się jej obrońcy, organizacja o nazwie The Lineage, będąca czymś w rodzaju zakonu. Członkowie The Lineage próbują za wszelką cenę uchronić tajemnice zigguratu przed zachłannymi korporacjami.

Gracze wcielają się postaci walczące po jednej z dwóch stron: RNA, czyli globalnej megakorporacji, lub The Lineage, organizacji dbającej przede wszystkim, o to by dzika magia pozostawała wolna. W zależności od tego, po której stronie barykady staniemy, możemy liczyć na szereg gadżetów i udogodnień w postaci futurystycznych broni (różniących się szeregiem właściwości takich jak siła ognia, zasięg, rodzaj amunicji itd.), możliwości teleportacji, widzenia przez ściany, tworzenia miraży i wielu innych. W miarę czynienia postępów i realizacji założonych zadań, zarabiamy pieniądze, za które możemy dokupić nową broń i sprzęt. Bardzo duże znaczenie ma również umiejętne dobranie członków drużyny. Poszczególne rasy (ludzie, elfy, krasnoludy, trolle itd.), dysponują unikalnymi umiejętnościami, których odpowiednie wykorzystanie może być kluczowe dla losów starcia. Dość ciekawym pomysłem jest również zrezygnowanie z gadżetów odnawiających energię, na rzecz specjalnych umiejętności, np. wojownicy The Lineage potrafią przywołać magiczne drzewo, leczące wszystkich dookoła (nawet wrogów). Autorzy gry dodali także możliwość wskrzeszania poległych bohaterów (pod warunkiem, że ich ciało nie zostało całkowicie unicestwione, lub nie znajduje się w niedostępnym miejscu).