Tym razem Ratchet podejrzewany jest o przestępstwa, których nie popełnił. Wszystkie dowody wskazują jednak na niego, więc długouchy bohater ma duże kłopoty. Clank postanawia ratować swojego przyjaciela i dowiedzieć się, kto tak naprawdę jest za całą sprawę odpowiedzialny.

W Secret Agent Clank nasz robocik, przez większą cześć gry będzie musiał pozostać niezauważonym, co zmienia bardzo system rozgrywki, do którego przywykliśmy grając w poprzednie części serii Ratchet and Clank. Kończymy z wszechobecną walką, a uczmy się dyskrecji. Mimo to, nasz "Tajny Agent" musi czasem wyprowadzić kombinację ciosów by obronić się przed przeciwnikami. Ponadto w miarę zaliczania kolejnych poziomów, odblokowują się dla niego nowe ruchy oraz umiejętności. Dla przykładu zebranie specjalnych butów pozwala nam wykonywać podwójny skok oraz atakować przeciwników z wysokości.