Przyjaciel Freda, niejaki Jed, został porwany! Co gorsza, dziesiątki robotów, które tworzył dla potrzeb filmów rozpierzchło się po całym mieście i atakują każdego napotkanego człowieka, bądź zwierzaka. Kto porwał Jeda? Kto uwolnił dziwaczne roboty? To zadanie dla grupy Mystery Inc. I lepiej, by zagadka została wyjaśniona bardzo szybko, bo w innym wypadku może być... za późno!

Programiści firmy THQ przygotowali kilkanaście ogromnych i bardzo urozmaiconych poziomów (m.in. Harum Sacre’em Museum, Haunted Rockin’ Roller Coaster, czy Shuddery Showdown in Chinatown). W każdym z nich sterowana przez gracza postać, a jest to śmieszny pies Scooby, może odnaleźć i przywdziać jeden kostium nadający jej specjalne umiejętności (np. Kung Fu Scooby, Bat Scooby oraz Robin Hood Scooby). Ponadto gdzieniegdzie walają się nadzwyczajne chrupki wzmacniające na pewien czas naszego bohatera, dzięki czemu walka z przeciwnikami jest o wiele łatwiejsza. Od czasu do czasu weźmiemy udział w zręcznościowej zabawie polegającej na skakaniu po wąskich belkach, czy też jeździe na nartach.

Scooby-Doo! Unmasked stworzona została w technice cel-shading, co nadaje jej prawdziwie kreskówkowy charakter. Każdą z postaci wchodzących w skład Mystery Inc. obdarzono głosem aktora, podkładającego go także w serialu animowanym.