Główny bohater postanawia zemścić się na zdrajcach, przy okazji kolekcjonując biochipy poległych kolegów w celu ich powtórnego sklonowania. Obiekty te zawierają osobowości kompanów Rogue Troopera i mogą być montowane w jego hełmie, karabinie oraz plecaku. Zdobycie każdego takiego biochipu wzbogaca głównego bohatera w nowe umiejętności. Mowa tu między innymi o opcji włamywania się do lokalnych systemów bezpieczeństwa. Rogue Trooper może również wysłuchiwać podpowiedzi odnośnie sytuacji, w jakich w danym momencie się znalazł.

Właściwa zabawa opiera się w głównej mierze na masowej eksterminacji wrogo nastawionych i również genetycznie udoskonalnych żołnierzy. Oprócz tego Rogue Trooper musi radzić sobie między innymi z czołgami czy dronami. Eliminacji jednostek przeciwnika dokonuje się przy wykorzystaniu bogatego arsenału broni. Są to między innymi futurystycznie zaprojektowane pistolety, karabiny (maszynowe i snajperskie) czy wyrzutnie rakiet. Ważną rolę odgrywa kolekcjonowanie znajdywanych na planszy surowców, które następnie należy umiejętnie spożytkować. Ponadto w niektórych misjach premiowane jest działanie z ukrycia, dzięki czemu w prostszy sposób można pozbyć się oddziałów przeciwnika.