Naruto: Rise of a Ninja to gra akcji oparta na serialu anime pod tytułem Naruto. Rozgrywka toczy się na terenie dalekowschodniej wioski, a jej głównym bohaterem jest ambitny, nadpobudliwy, nastoletni ninja - Naruto Uzumaki. Chce on zostać hokage, czyli najsilniejszym wojownikiem w wiosce. Aby tego dokonać wciąż szuka uznania wśród innych ninja. Rozgrywka ma charakter otwarty. Bohater może dowolnie przemierzać wioskę i okolice w poszukiwaniu misji do wykonania lub przeciwników, z którymi może walczyć. Sam Naruto dysponuje rozmaitymi mocami, a jego przeciwnikami są zarówno inni wojownicy, jak i rozmaite demony. Wiele lokacji i postaci pojawiających się w grze zaczerpnięto z serialu. Grafika programu wykonana została z pomocą technologii cel shading, co nadaje jej komiksowy charakter. Ścieżka dźwiękowa bazuje na motywach z telewizyjnego pierwowzoru.