W części poprzedniej akcja rozgrywała się w 2100 roku na Marsie, gdzie w jednej z tamtejszych kopalni kontrolowanych przez korporację Ultor, wybucha rebelia. Tym razem gra przenosi nas w całkowicie inne realia i toczy się na Ziemi, pięć lat po rebelii na Marsie. Przez ostatnie 15 lat skorumpowany dyktator Sopot gnębił obywateli Commonealth. Wojna, która miała zaspokoić jego obsesyjne pragnienie przyłączenia sąsiadującej Zjednoczonej Republiki spowodowała niepotrzebny rozlew krwi, zatrucie środowiska, wody i powietrza, spustoszyła Commonealth i zrujnowała normalne życie jego obywateli. Co więcej, media znajdujące się pod kontrolą dyktatora podają fałszywe informacje o zwycięstwach militarnych Commonealth. Ludność zaczyna się buntować, powstaje ruch oporu zamierzający obalić okrutnego dyktatora.

Gracz staje się ekspertem od materiałów wybuchowych o imieniu Alias, członkiem sześcioosobowego oddziału super-nano-żołnierzy, który ma zabić dyktatora i ocalić kraj – w skład oddziału wchodzą także Molov, Repta, Shrike, Tangier oraz Quill, każdy z własną funkcją, typu: snajper, specjalista elektronik, itp.

Autorzy przygotowali złożoną i interesująca fabułę z licznymi zagadkami i różnymi zakończeniami zależnymi od decyzji grającego. Mało powiedzieć, że początkowo nasz bohater jest żołnierzem Sopota, a dopiero w drugiej misji, po zdradzie dyktatora, postawia przejść na stronę rebelii. Naturalnie znacznie poprawiono silnik graficzny oraz udoskonalono słynny już silnik odpowiedzialny za modyfikacje elementów otoczenia „Geo-Mod”. W szeregu poszczególnych misji możemy używać czternastu różnych broni, w tym pistoletów, wyrzutni rakiet, granatów oraz karabinów maszynowych; specjalistyczne przedmioty jak zestawy medyczne czy noktowizory, a także pojazdy, czołgi czy nawet maszyny latające i łodzie podwodne. Poprawie uległo też A.I. postaci kierowanych przez komputer, walczą one w sposób przemyślany, wykorzystują elementy otoczenia do ochrony przed ogniem, itp. Inaczej zachowują się też poszczególni przeciwnicy, regularni żołnierze, nano-żołnierze, czy też roboty kamikadze. Dzięki tym zabiegom rozgrywka jest bardziej emocjonująca.