Rozpoczęta w Red Faction: Guerrilla wojna domowa była tak wyniszczająca, że uczyniła powierzchnię Marsa niezdatną do utrzymania ludzkiego życia. Mieszkańcy nie mieli więc innego wyjścia, jak ponownie zejść pod ziemię, czyli tam, gdzie zaczęła się cała opowieść. Tym razem jednak populacja była znacznie większa i wymusiło to drążenie tuneli głębiej niż kiedykolwiek przedtem. Jak się wkrótce okazało – zbyt głęboko, bowiem wiele kilometrów pod powierzchnią spały istoty, które zamieszkiwały Czerwoną Planetę na długo, zanim przybyli tu ludzie. Obudzeni obcy okazali się agresywni i śmiertelnie niebezpieczni. Wystarczyły trzy doby, by zdołali opanować całą kolonię, zabijając lub zamykając w kokonach większość zamieszkujących ją ludzi. My wcielamy się w Dariusa Masona (wnuka głównego bohatera Red Faction: Guerilla), którego z jakiegoś powodu wszyscy uważają za winnego całego zamieszania. Na nasze barki spada więc duży ciężar – nie tylko musimy uporać się z inwazją kosmitów, ale również dowiedzieć się, kto nas wrabia, a potem odpłacić mu pięknym za nadobne.