Akcja Armageddon rozpoczyna się kilkadziesiąt lat po wydarzeniach przedstawionych w Red Faction: Guerrilla. Tajemnicza sekta pod wodzą Hale'a doprowadza do zniszczenia marsjańskiego terraformera, w rezultacie czego ludność zmuszona zostaje do zejścia głęboko pod ziemię. Właściwa zabawa rozpoczyna się nieco później, ukazując Dariusa Masona (wnuka bohatera poprzedniej odsłony cyklu) badającego pewne pradawne ruiny. Główny bohater zupełnie przypadkowo przyczynia się do wybudzenia rasy zamieszkujących Marsa wrogich kreatur. Obudzeni obcy okazują się agresywni i śmiertelnie niebezpieczni, dzięki czemu w szybkim czasie opanowują kolejne kolonie, zabijając lub zamykając w kokonach ludność cywilną. Darius musi nie tylko uporać się z inwazją kosmitów, ale także odeprzeć zarzuty, jakoby pełna odpowiedzialność za wybuch infekcji ciążyła właśnie na nim.

Red Faction: Armageddon stanowi świeże podejście do tematyki serii. Znana z Guerrilli swoboda poruszania została zastąpiona bardziej liniową strukturą gry, z naciskiem położonym na fabułę oraz filmowe podejście do jej przedstawienia. Powraca element rozpoznawczy całego cyklu, czyli możliwość niszczenia terenu, co możliwe jest dzięki wyposażeniu nas w zestaw potężnych narzędzi. Najcenniejsze urządzenie w grze to Magnet Gun, czyli Karabin Magnetyczny. Zasada jego działania jest bardzo prosta i polega na przyciąganiu pierwszego trafionego obiektu do drugiego celu. Oznacza to, że możemy np. oderwać kawałek ściany i posłać w stronę atakującego nas kosmity lub też odwracając kolejność celów sprawić, że obcy z impetem uderzy w sufit. Wśród innych ciekawych broni pojawiają się takie ciekawe zabawki jak działo szynowe, karabin plazmowy, czy generator czarnych dziur. Mason może ponadto korzystać z nano-kuźni, odpychając z jej pomocą potwory lub odbudowując zniszczone konstrukcje. Z czasem nawet tak wymyślne gadżety okazują się niewystarczające. Wtedy do gry wkraczają egzoszkielety, wielkie maszyny kroczące, a nawet myśliwiec, za sterami którego możemy siać destrukcję na jeszcze większą skalę.