Red Faction to połączenie podstawowych cech gatunku FPS z obszernymi wątkami przygodowymi. Przenosimy się w niej do 2100 roku na planetę Mars, gdzie władzę sprawuje korporacja Ultor. W jednej z kopalni wybucha rebelia. Górnicy buntują się przeciwko bezwzględnym rządom korporacji. Ich chęć zemsty i walki podsyca fakt, że niezidentyfikowany wirus zaczyna dziesiątkować szeregi robotników.

Wśród rebeliantów poznajemy głównego bohatera - Parkera, który wybrał spartańskie życie w kopalni, porzucając wcześniej naukę na Harvardzie. Istotnymi postaciami w Red Faction są również: Gryphon - dawny pracownik korporacji, który przyłącza się do rebelii, Hendrix - płatny zabójca, Masako - najemnik, Eos - przywódczyni rebelii, Capek - główny naukowiec po stronie Ultoru. Jako Parker, stajemy na czele rebelii, mającej na celu obalenie istniejącego porządku i wyjaśnienie tajemnic plagi, która nawiedziła kopalnię.