Fabuła Red Alert 3 koncentruje się wokół alternatywnej wersji historii – zdesperowani przywódcy Związku Radzieckiego postanawiają przenieść się w przeszłość aby zmienić bieg wydarzeń i przywrócić świetność Mateczce Rosji. Niestety, nie wszystko idzie zgodnie z planem – została stworzona nowa oś czasu, w której technologia wyewoluowała w zupełnie inną stronę niż w naszej rzeczywistości. Co więcej, na wschodzie powstało nowe supermocarstwo – Imperium Wschodzącego Słońca, które obok Sowietów i Aliantów stanowi jedną ze stron potężnego konfliktu zbrojnego – kolejnej wojny światowej.

Skoro mamy 3 strony konfliktu, mamy również tyle samo kampanii do rozegrania, a każda z nich zamyka się w 9 misjach. Co ciekawe, kampanie można ukończyć samotnie, bądź też zaprosić do współpracy kolegę i rozegrać walki w trybie kooperacji. Jeśli zdecydujemy się na grę w pojedynkę, nasze działania wesprą algorytmy sztucznej inteligencji sterujące dowódcami o różnych osobowościach. Poszczególne armie różnią się jednostkami bojowymi, a te czasami prezentują się dość oryginalnie, żeby nie powiedzieć dziwacznie – o ile bowiem delfiny wykorzystywane były już podczas znanych nam wojen, o tyle uzbrojone niedźwiedzie nie trafiają sie zbyt często. Ale to przecież historia alternatywna – nie dziwi więc wykorzystanie technologii Tesli w sztuce wojennej, transformujące się czołgi czy pływające wyspy – twierdze. Dodatkowo każda jednostka posiada zdolności specjalne – przykładowo zamrożenie wrogich oddziałów czy „rzucenie” niewidzialności na sojuszników może być bardzo przydatne podczas walk.

Jak widać autorzy gry postawili w swojej produkcji sporo pytań z gatunku „co by było, gdyby...?”. Co by było, gdyby wszelkie najdziwniejsze projekty naukowe i eksperymenty przeprowadzane na przestrzeni ostatnich 70 lat dałyby oczekiwane rezultaty? Gdyby udało się podróżować w czasie czy teleportować się? Właśnie na wszelkie tego rodzaju pytania odpowiedzieć możemy sami, dowolnie kształtując kierunek rozwoju konfliktu w Command & Conquer: Red Alert 3.