Pierwsza część serii Quake, wydana w 1996 roku, stanowiła zlepek luźnych pomysłów i praktycznie pozbawiona była fabuły. Mimo to odniosła spory sukces kasowy, a studio id Software niemal natychmiast rozpoczęło prace nad nowym projektem. Quake II nie stanowi jednak klasycznej kontynuacji. Twórcy gry „zapożyczyli” nazwę z uwagi na trudności z rejestracją innego tytułu. Fanom Quake to zupełnie nie przeszkadzało, bo w efekcie otrzymali jeszcze lepszą i bardziej dopracowaną grę.

Akcja Q2 rozgrywa się w bliżej nieokreślonej, dalekiej przyszłości. Ludzkość nawiązała kontakt z technologicznie zaawansowną, biomechaniczną cywilizacją obcych zwanych Stroggami. Początkowo obie rasy żyły w pokojowej koegzystencji. Sytuacja uległa zmianie, gdy wyszło na jaw, że Stroggowie planują podbój Ziemi. Uprzedzając ruch przeciwnika ludzie przygotowali desperacki atak. Elitarna jednostka kosmicznych marines wysłana na ojczystą planetę Stroggów została jednak rozbita. Większość żołnierzy zginęła, a nieliczni trafili do niewoli. Tylko jeden członek oddziału zdołał wymknąć się wrogom. Od jego poczynań zależy powodzenie operacji „Overlord” i uratowanie Ziemi.