Konstrukcja zabawy nie uległa znaczącym modyfikacjom w stosunku do części pierwszej. Podobnie jak poprzednio otrzymujemy możliwość walki zarówno samemu jak i w zespole, którego skład wcześniej ustalamy. Wyboru tego dokonujemy spośród dwudziestu postaci. Oczywiście każda z nich posiada techniki walki, w tym również jutsu, niedostępne dla pozostałych. Nie zaszło też zbyt wiele zmian w głównej atrakcji, czyli potyczkach – oprócz rzucania shurikenami czy wykonywania zwykłych i wzmocnionych ataków, możemy korzystać ze specjalnych technik jutsu wymagających energii chakra. W czasie gry możemy znaleźć też specjalne przedmioty, takie jak na przykład bardziej śmiercionośne shurikeny, których ilość jest jednak ograniczona.

Największą nowością w The Phantom Fortress jest dodanie trybu Mugenjo. Naszym zadaniem jest w nim przemierzanie kolejnych poziomów stupiętrowej wieży, która pewnego dnia spadła na Wioskę Ukrytego Liścia. Na każdym z poziomów musimy wybrać jedno z kilku dostępnych wyzwań, któremu chcemy stawić czoła, aby mów udać się wyżej.

W trybie multiplayer możemy zarówno współpracować z innymi graczami jak i z nimi rywalizować za pośrednictwem Wi-Fi. Do zabawy wieloosobowej także i w tej odsłonie wystarczy tylko jeden dysk UMD.