Akcja toczy się w ogarniętej wojną rzeczywistości. Nu Earth to świat gdzie atmosfera jest w całości skażona. Główny bohater, którego losami pokierujemy to Rogue Trooper. Jest on jednym z wielu żołnierzy stworzonych za pomocą inżynierii genetycznej wchodzących z skład elitarnej jednostki wojskowej. Klony takie zostały stworzone tylko dla jednego celu. Mogąc walczyć w nieprzyjaznych warunkach mają pokonać wrogą armię Nort Republic. W pewnym momencie sprawy jednak się komplikują. Gdy oddział, w którego skład wchodzi także nasz bohater znajduje się w strategicznej strefie Quartz Zone. Część żołnierzy jego jednostki dokonuje zdrady. Rogue jako jedyny przezywa masakrę i nie widząc innego wyjścia postanawia przejść do walki w ukryciu. Celem jego działań jest zabicie zdrajców.