Metal Gear Solid 3: Subsistence to ulepszona i rozbudowana wersja przebojowej gry akcji pt. Metal Gear Solid 3: Snake Eater. Wśród innowacyjnych dodatków warto wyróżnić przede wszystkim nowe tryby rozgrywki (takie jak długo oczekiwaną opcję gry online czy Duel Mode), nowoczesne i bardziej funkcjonalne ujęcia kamer oraz obecność w pakiecie dwóch gier, które zapoczątkowały serię: Metal Gear oraz Metal Gear 2: Solid Snake.

Zdecydowanie najbardziej rewolucyjną nowością jest wprowadzenie trybu gry online dla wielu graczy. Amatorzy rozrywki sieciowej sami wybierają misje oraz zasady rozgrywki, spośród wielu dostępnych opcji i trybów (m.in. klasyczny Team Battle czy Snake and Enemy, w którym jeden z graczy wciela się w Snake’a, zaś rywal stara się za wszelką cenę przeszkodzić mu w wykonaniu zadania). Nowoczesny tryb multiplayer zawiera ponadto klasyczne elementy walki znane z singlowego Metal Gear Solid, takie jak skradanie się, ataki z ukrycia przy użyciu broni snajperskiej czy też tzw. Close Quarters Combat (CQC).

Interesującym dodatkiem jest również innowacyjny system kamer, umożliwiający granie z widoku trzeciej osoby, który oferuje szersze pole widzenia oraz całkowitą swobodę poruszania się, co dodatkowo poprawia realizm rozgrywki. Nowy tryb pracy kamer ułatwia graczowi dostrzeganie nadchodzących wrogów oraz daje szersze możliwości planowania następnego posunięcia. Oczywiście, bardziej doświadczeni gracze, przyzwyczajeni do stylu gry charakterystycznego dla poprzednich części, nadal mogą korzystać z tradycyjnej pracy kamer.

Metal Gear Solid 3: Subsistence zawiera również oryginalne wersje gier Metal Gear oraz Metal Gear 2: Solid Snake. Te proste graficznie gry akcji wydano kilkanaście lat wcześniej, a w rzeczywistości to właśnie te gry zapoczątkowały późniejsze, przebojowe produkcje z serii Metal Gear Solid. Przejście tych dwóch gier pozwoli graczom nie tylko na zaznajomienie się z korzeniami serii, ale i wytłumaczy wiele zawiłości fabularnych zawartych w Metal Gear Solid 3.

Na deser twórcy przygotowali dodatkowe etapy dla lubianego przez wielu graczy trybu Snake vs. Monkey. Dodano także nowe opcje, które stają się dostępne po przejściu gry. Są to Duel Mode, umożliwiający powtórne rozegranie walki z każdym bossem, oraz Demo Theater, pozwalający graczom na podrasowanie kamuflażu głównego bohatera oraz obejrzenie filmów prezentujących postać Snake’a.