Agent 006 został wyrzucony z Brytyjskiego Wywiadu Wojskowego za nadmierną brutalność. Być może trudno Wam w to uwierzyć, ale właśnie taka sytuacja miała miejsce po kilku niezbyt łagodnych akcjach, w których pierwsze skrzypce grał ten niepokorny człowiek. Były agent znalazł zatrudnienie u wielkiego łotra Aurica Goldfingera. Goldfinger toczy właśnie wojnę ze swym największym wrogiem, znakomitym naukowcem Dr. No, a 006 ma mu w tym pomóc. Stawką jest stołek prezesa w największej organizacji przestępczej świata. Chęć połączenia swych sił z jednym z największych przestępców tego świat stała się jeszcze większa w momencie utraty oka, do czego przyczynił się Dr. No. Agent 006 dostaje w prezencie od Goldfingera syntetyczne oko, zwane GoldenEye – to sprytne zagranie przeważa szalę na korzyść Goldfingera. W grze napotkamy wiele postaci znanych z przygód Bonda m.in. Scaramangę, Xenię Onatopp oraz Pussy Galore. Warto odnotować fakt, iż „GoldenEye: Rogue Agent” jest pierwszą grą powiązaną ze światem stworzonym przez Iana Fleminga, w której zasilimy szeregi „ciemnej strony mocy”.