Ghost in the Shell: Stand Alone Complex to gra akcji utrzymana w perspektywie trzeciej osoby (TPP). Zarazem jest to druga gra video oparta na słynnej mandze Ghost in the Shell autorstwa Masamune Shirow. W odróżnieniu od poprzedniej gry, która została wydana w 1997 roku na PsOne ta produkcja opiera się na serialu telewizyjnym pod tym samym tytułem, który jest dość luźno powiązany z historią przedstawioną zarówno w mandze jak i jej filmowej adaptacji.

Przedstawiona tutaj historia ma miejsce w niezbyt odległej przyszłości. Specjalna 9-ta Sekcja, którą reprezentujemy walczy z nowoczesnym terroryzmem. W Ghost in the Shell: Stand Alone Complex do przejścia jest dwanaście powiązanych ze sobą poziomów. W trakcie rozgrywki gracz wciela się w jedną z dwóch dostępnych grywalnych postaci: śliczną Major Motoko Kusanagi oraz silnego Batou. Obie potrafią znakomicie bić się wręcz z przeciwnikami oraz na wiele sposobów skorzystać z otoczenia w którym się znajdują (m.in. odbijać się od jego elementów oraz wspinać się po ścianach). Sprawnie posługują się również piętnastoma rodzajami oddanych do naszej dyspozycji nowoczesnych wersji różnych broni (m.in. pistoletów, karabinów maszynowych, wyrzutni rakiet, karabinu snajperskiego).

W trakcie misji na naszej drodze do wykonania głównego celu nie raz musimy najpierw poradzić sobie z różnorodnymi zagadkami i przeszkodami znajdującymi się w danej lokacji. Niekiedy w tym celu musimy włamywać się do systemów sterujących zabezpieczeniami oraz wirtualnych duchów pokonanych przeciwników. Dodatkowo w niektórych zadaniach z pomocą przychodzi nam Tachikoma. Zasiadając za sterami tego małego pająkopodobnego czołgu mamy w swoich rękach zdecydowanie silniejsze argumenty na coraz to lepszych wrogów.

Gra posiada trzy poziomy trudności. Dodatkowo dla początkujących graczy przygotowano również kilka specjalnych poziomów w trybie tutorial w których szybko poznają tajniki sprawnego radzenia sobie w różnych sytuacjach. Natomiast bardziej doświadczeni gracze mogą spróbować swoich sił w poszukiwaniu ukrytych w grze dodatków i bonusów. Ghost in the Shell: Stand Alone Complex posiada również tryb multiplayer w którym na podzielonym ekranie może bawić się od 2 do 4 graczy jednocześnie. W jego ramach do naszej dyspozycji oddano dodatkowych grywalnych postaci, ubiorów, broni, poziomów oraz trybów zabawy.