W grze wcielimy się w tytułowy prototyp, obdarzonego przez genetyczne eksperymenty nadnaturalnymi zdolnościami człowieka – Aleksa Mercera. Zmiany poczynione w jego genomie doprowadziły do tego, że posiada on zadziwiającą zdolność transformacji własnego ciała. Dzięki temu może przyjmować wygląd napotkanych ludzi. Mało tego, potrafi również przejmować ich wspomnienia i umiejętności. Na tym jednak nie koniec jego mocy. W trakcie starcia może bowiem w ten sposób zmodyfikować swoje ciało, by stało się potężną maszyną do zabijania. Wykształcenie ogromnych szponów czy przyjęcie postaci ogromnego monstrum nie stanowi dla niego większego problemu.

Alex zmuszony jest skorzystać z opisanych powyżej nadnaturalnych zdolności, by odkryć swoją tożsamość (nie pamięta niczego, co działo się przed eksperymentami), a także uratować Manhattan przed wirusem, który zmienia nowojorczyków w bezmyślne zombie. W tym celu przemierza Nowy York, wykonuje rozmaite zlecenia, czasem działając w ukryciu a czasem stając do otwartej walki. W takich momentach wykorzystuje swój rozległy arsenał ciosów, a jego ataki odznaczają się taką mocą, że nie tylko masakruje przeciwników ale również dewastuje otoczenie.