Prototype 2 to kontynuacja wydanej w 2009 roku gry zręcznościowej charakteryzującej się otwartym światem. Tym razem wcielamy się w nową postać - Jamesa Hellera, który w wyniku epidemii stracił żonę i dziecko. Według byłego żołnierza, patrioty, osobą odpowiedzialną za ten stan rzeczy jest bohater pierwszej części, Alex Mercer. Ten, warto przypomnieć, był jednym z niewielu ludzi których zaraza – przy której gorączka krwotoczna z Zairu to małe piwko – zmieniła i dała moc świadomej zmiany własnego ciała przy jednoczesnym zachowaniu jasności umysłu.

Poczynania Mercera w pierwszej części spowodowały, że cały Manhattan został ogarnięty zarazą. Akcja drugiej części rozgrywa się czternaście miesięcy później. Nowy Jork podzielono na strefy – zarażoną, przejściową i wolną od wirusa. Motywy i sposoby osiągnięcia celu są tym razem inne, ale gra w zasadzie sprowadza się do tego samego - eksploracji Nowego Jorku i śledzenia różnych wątków związanych z zarazą. James jest potężniejszy od Mercera, i to było celem twórców. Nowy bohater jest sam sobie panem i realizuje tylko i wyłącznie swoje cele, a narzędzia ku temu ma podobne do poprzednika. Mutacje i ich rozwój dają mu moc, o której zwykli śmiertelnicy mogą tylko marzyć.

Zmianie uległa struktura fabularna i rozwój postaci. Studio Radical postawiło przede wszystkim na płynność i – o ile można o tym mówić – realizm rozgrywki. W Prototype 2 nie znajdujemy zadań oderwanych od wątku fabularnego, we wszystkim co robimy, nawet jeśli są to zadania dodatkowe, przewijają się informacje związane z fabułą. Początkowo śledzimy efekty małego wydarzenia w strefie strzeżonej przez Blackwatch, ale odkrywając liczne niecne czyny tej organizacji wplątujemy się w coraz większą intrygę. Bohater wykonując kolejne zadania gromadzi doświadczenie, które tak jak poprzednio, wymienia na różne moce.

Pod względem oprawy graficznej i dźwiękowej Prototype 2 stanowi kilka kroków naprzód w stosunku do poprzednika. W zasadzie wszystkie elementy od animacji przez tekstury zostały dopracowane i poprawione. Zmieniona mechanika walki – jedna z głównych bolączek cz.1 – sprawia, że wydarzenia na ekranie są jeszcze bardziej widowiskowe i mamy nad ich przebiegiem większą kontrolę. Menażeria jakiej stawiamy czoła uległa poszerzeniu, nowi przeciwnicy są wprowadzani stopniowo w trakcie rozgrywki i często ich widok potrafi naprawdę zaskoczyć.