Jedną z nowo odkrytych planet była Calypso, położona daleko poza granicami Imperium. Miała ona być nowym światem dla przybyłych kolonistów, lecz maszyny odpowiedzialne za odpowiednie przystosowanie planety oraz budowę miast i osiedli mieszkalnych zwariowały i zwróciły się przeciwko ludziom. Rozpoczęła się wielka wojna, w której dopiero przyszłe pokolenia osadników miały zatryumfować i pokonać roboty. Po jej zakończeniu zaczęto wszystko odbudowywać oraz przywracać do dawnej stabilności. Lecz okazało się, że wróg nie został całkowicie wyeliminowany. Tym razem powrócił silniejszy i lepiej przygotowany do walki. Jego bazą jest odległa kolonia górnicza, z której, dzięki technologii teleportacji, może lądować swymi mechanicznymi wojskami w dowolnym miejscu planety Calipso.

Koloniści są całkowicie opuszczeni w swej wojnie. Mimo to z godną podziwu determinacją i odwagą zdecydowani są bronić swojego dobytku, a nawet ciągle się rozwijać oraz rozbudowywać. Gracz może wcielić się w jednego z tych dzielnych ludzi i zamieszkać w stolicy Nowej Przystani. Możemy również wyjść poza jej obręb, odkrywać nieznane, niebezpieczne obszary planety oraz walczyć z wrogimi maszynami. Dostępnych jest pięć odmiennych środowiskowo regionów: Neo Ithaca, Arcadia Minor, Elysium Prime, Erebus oraz Heliade. Świat jest zamieszkiwany przez rodzime formy zwierzęce i roślinne oraz niebezpiecznych mutantów. Nasza postać może awansować i nabywać nowe umiejętności. W tytule tym zaimplementowane zostały zaawansowane opcje ekonomiczne, które pozwalają na wymianę i obrót prawdziwą, rzeczywistą gotówką w grze. Sprowadza się to do tego, iż możemy wymienić nasze pieniądze na walutę gry PED (Project Entropia Dollars), dowolnie ją wykorzystać w świecie gry, np. zainwestować, po czym wypłacić, tzn. wymienić posiadaną ilość PED na realną gotówkę. Całość wykonano z wykorzystaniem trójwymiarowego silnika graficznego. Bardzo istotne jest to, iż producent postanowił nie pobierać żadnych opłat za korzystanie z gry.