Akcja gry rozpoczyna się w 1937 roku, ale teatrem działań nie jest, jak mogłoby się wydawać, przygotowująca się do II Wojny Światowej Europa, a południowe rejony naszego globu: Antarktyda, Falklandy i Argentyna. Głównym bohaterem Prisoner of Ice jest porucznik Ryan, amerykański agent, dokoptowany na pokład brytyjskiej łodzi podwodnej H.M.S. Victoria. Okręt, który podczas misji ratunkowej u wybrzeży najzimniejszego z kontynentów, zabiera na pokład dwie tajemnicze skrzynie, zostaje nagle zaatakowany przez niemiecki niszczyciel i z poważnymi uszkodzeniami próbuje dostać się do brytyjskiej bazy zlokalizowanej na Wyspach Falklandzkich. Na skutek wewnętrznych uszkodzeń i pożaru, z ładowni wydostaje się bliżej niezidentyfikowany potwór, który na dzień dobry pożera kapitana. Jako następny stopniem oficer, Ryan musi uratować łódź, przeprowadzić śledztwo, mające na celu wyjaśnienie, z czym tak naprawdę ma do czynienia i jak to zwykle w tego typu historiach bywa, przy okazji uratować cały świat od zagłady. Choć może wydawać się nieco naiwny, to właśnie scenariusz jest najmocniejszym punktem gry.