Podobnie jak we wcześniejszych odsłonach serii, w Prison Tycoon 5: Alcatraz gracz wciela się w rolę dyrektora zakładu penitencjarnego, którego ambicją jest zbudowanie nowoczesnego miejsca odosobnienia, przystosowanego do „goszczenia” najgroźniejszych przestępców. Niestety, skazańcy nie ułatwiają zadania - nie palą się do współpracy, nie stronią od rozrób i bezustannie obmyślają sposoby ucieczki.

Do obowiązków dyrektora wirtualnego więzienia należy m.in. rozbudowa istniejącej infrastruktury (budowanie nowych cel, wież strażniczych, obiektów rekreacyjnych itp.), zatrudnianie strażników, tłumienie zamieszek oraz zapobieganie ucieczkom. Jak przystało na strategię ekonomiczną duże znaczenie ma rachunek ekonomiczny. Gracz nie może bowiem dopuścić do bankructwa więzienia, a środki finansowe uzyskuje np. zlecając skazańcom wykonanie określonych prac.

Rozgrywka w Prison Tycoon 5: Alcatraz opiera się głównie na wydawaniu poleceń służbom więziennym, kupowaniu i instalowaniu nowych elementów więzienia, a także bieżącym nadzorowaniu porządku oraz reagowaniu na pojawiające się zagrożenia.

Na tle poprzednich gier z serii Prison Tycoon 5: Alcatraz wyróżnia się przede wszystkim znacznie poprawioną stroną wizualną. Wygląd wirtualnego więzienia oraz jego sąsiedztwa to dokładna kopia autentycznego Alcatraz. Modele obiektów zarówno na zewnątrz, jak i we wnętrzach budynków zobrazowane zostały w 3D. Na uwagę zasługuje też zgodność z historycznymi realiami amerykańskiego więziennictwa z okresu pierwszej połowy XX wieku.