Tym razem tytułowy książę musi stoczyć walkę ze swym przeznaczeniem. Pewien mędrzec oznajmił mu, że wkrótce umrze. Bardzo szybko okazuje się, iż na Księcia poluje Dahaka, nieśmiertelna reinkarnacja przeznaczenia. Główny bohater wyrusza w niebezpieczną podróż, której zwieńczeniem będzie dotarcie do pewnej przeklętej wyspy. Atmosfera gry jest zdecydowanie bardziej mroczna niż w pierwszej części. Książę musi stawić czoła swym największym obawom. Na swojej drodze napotka hordy krwiożerczych potworów.

Właściwa rozgrywka przebiega w zbliżony sposób do pierwszej części „PoP”. Książę musi pokonywać liczne przeszkody, radzić sobie z mniej lub bardziej skomplikowanymi mechanizmami, unikać pułapek, a także walczyć. Ten ostatni element przeszedł spore modyfikacje. W grze zastosowano nowy moduł odpowiedzialny za walkę - Free-Form Fighting System. W założeniach ma on umożliwić graczowi dowolną manipulację otoczeniem i przeciwnikami, tak aby mógł sprawniej ich pokonywać. Tytułowy Książę jest teraz znacznie silniejszy, posiadł nowe umiejętności, z których może korzystać w trakcie walki, a na dodatek może używać arsenału różnych broni. W sequelu zastosowano również zupełnie nowy system odpowiedzialny za ataki na odległość, dzięki czemu gracz nie musi już stawać do bezpośrednich starć, tylko może razić wrogów z bezpiecznej odległości. Obecny w pierwszej części Sztylet Czasu doczekał się niewielkiego upgrade'u, dzięki czemu może on pustoszyć dusze przeciwników.

Sequel „Prince of Persia” jest dłuższy od pierwszej części. Ponadto, w nagrodę za ukończenie zabawy gracz nagradzany jest cennymi bonusami. Oprawa wizualna produktu doczekała się niewielkich ulepszeń. Autorzy gry położyli szczególny nacisk na ponury wygląd otoczenia, tak aby dopasować je do klimatu rozgrywki.