Z Wyspy Wynalazców opanowanej przez Wielkiego Elektronika wyrusza do Bajdocji tajny agent. Jest nim pułkownik Alojzy Bąbel, który otrzymał od swego mocodawcy rozkaz zniszczenia ogromnej beczki z atramentem zacumowanej u wybrzeży Bajdocji. Ma to doprowadzić do odwołania corocznego festiwalu bajek, jaki odbywa się w stolicy tego kraju - Klechdawie.

Alojzemu Bąblowi dzięki pomocy tajnego współpracownika Boni Al Facego udaje się zniszczyć beczkę atramentu. Król Bajdocji Apolinary Baj wzywa na pomoc prof. Ambrożego Kleksa i prosi go o dostarczenie zapasu atramentu, umożliwiającego kontynuację festiwalu.

Pan Kleks wraz z 13 osobową załogą, (wśród której znajduje się tajny agent Boni Al Facy) wyrusza w niebezpieczną podróż z zamiarem znalezienia atramentu.

Na samym końcu filmu chłopiec budzi się rano i gdy wstaje, zauważa na stoliku świecącą kulę (w opowieści dostał ją od Pana Kleksa).