Tajemniczy ogród to zapomniany, zamknięty od wielu lat i zaniedbany zakątek ogromnego parku otaczającego posiadłość stryja głównej bohaterki Mary Lennox, pana Cravena. To także miejsce magiczne i pełne czarownego blasku; miejsce, które staje się azylem dla dziesięcioletniej Mary, która ucieka tam zawsze wtedy, kiedy czuje się samotna i nikomu niepotrzebna. Od pojawienia się dziewczynki, ogród przeżywa niezwykłą przemianę , zaniedbane kwiaty zaczynają kwitnąć i czarować swoim pięknem. W tym magicznym miejscu rodzi się przyjaźń trojga dzieci: Mary, miejscowego Chłopca Dicona oraz kalekiego kuzyna dziewczynki, Colina.