Bohaterem gry jest siedemnastolatek, właśnie rozpoczynający naukę w nowej szkole. Oczywiście nie przypuszcza, że nowa szkoła będzie miała fundamentalny wpływ na jego życie. Pierwszego dnia nauki zostaje zaatakowany przez Shodow'a, złowrogie monstrum, będące głównym złym w grze. W trakcie walki okazuje się, że nasza postać ma zdolność przywoływania Person, demonów walczących po naszej stronie. Następną rewelacją jest fakt, że doba nie ma 24-ech godzin, a codziennie po północy nadchodzi tak zwany Shadow Time, w którym ludzie zapadają w mocny sen, a demony, chcące pożreć ich dusze, budzą się. Naszym zadaniem jest stawić im czoła. Tak więc, w dzień jesteśmy zwykłymi uczniami, a w nocy przeistaczamy się w łowcę demonów.

Szkolne życie to lekcje, spotkania ze znajomymi, włóczenie się po mieście. Spotkania z resztą naszej drużyny są okazją do podszkolenia ich umiejętności. Czas gry został zaplanowany na cały rok szkolny. Oznacza to, że czekają nas takie wydarzenia jak:egzaminy, szkolne imprezy, choroby itd., co ma bezpośredni wpływ na postacie z drużyny, czasem nie mogą uczestniczyć w walce, bo są chorzy, albo się uczą.

Z kolei noc przeznaczona jest na walkę z pomiotami Shadow'a. Podczas walki przywołuję się Persona, a główny bohater ma moc to łączenia ze sobą Person, aby stworzyć nowe i potężniejsze demony. Możemy również je zdobywać, poprzez zbieranie specjalnych kart. Taka karta umożliwia nam, przywołanie demona dowolną ilość razy.