Patapon to muzyczno-zręcznościowa gra akcji z widokiem horyzontalnym, która niekonwencjonalnym designem i modelem rozgrywki przypomina choćby dobrze przyjętą przez graczy produkcję na PSP z 2006 roku – LocoRoco. Tu również postawiono na charakterystyczny styl wykonania, co w zamierzeniu ma wyróżniać tytuł spośród innych dostępnych na rynku.

Pataponi to mieszkańcy zagrożonej wyginięciem społeczności, którzy w obliczu niebezpieczeństwa muszą podjąć starania o zachowanie starego porządku. Sympatyczne stworki zbudowane właściwie z samego oka wyruszają więc w pełną niebezpiecznych przygód wyprawę, aby mieczami, włóczniami, łukami walczyć o to, co im się należy. Oczywiście od gracza zależy, jak im się powiedzie.

Istotą rozgrywki jest dowodzenie grupką milusińskich pod przywództwem jednego ważniaka trzymającego w ręku sztandar oraz stawianie czoła przeciwnościom losu. Raz będą to mniejsi, a innym razem więksi wrogowie. Batalię na swoją korzyść rozstrzyga się za pomocą sekwencji przycisków, które w rzeczywistości tworzą muzyczny takt. W zależności od tego, co się zagra, armia małych wojowników może zatrzymać się bądź ruszyć w odpowiedniej chwili do ataku. Nic ponadto nie stoi na przeszkodzie, żeby czerpać pełnymi garściami z efektownie odgrywanych combosów. Sukces w grze wymaga od grającego poczucia rytmu, choć również zdolności podejmowania szybkich decyzji, bowiem zabawa toczy się w zawrotnym tempie.