Patapon 3 to platformowa gra muzyczna z elementami strategii i zręcznościowymi. Akcja gry rozpoczyna się w momencie zakończenia fabuły części drugiej. Po przekroczeniu mostu Patapony trafiają na tajemniczą skrzynkę. Ciekawe stworki postanawiają sprawdzić, co kryje się w środku. Okazuje się, że otwierając skrzynię, uwolniły siedem złych duchów, które przemieniają plemię w kamień. Jedynym osobnikiem, któremu udało się uciec, jest Hatapon. Dzięki znalezionemu Hosipionowi zyskuje moc pozwalającą na pokonanie duchów. Sterowanie w grze polega na takim wciskaniu przycisków konsoli by odegrana została jedna z kilku melodyjek, przekładających się na rozmaite komendy wydawane podopiecznym (przykładowo do przodu, zatrzymać się czy odwrót). Każdą melodyjkę można ponadto dodatkowo przedłużyć co zapewnia chwilowe zwiększenie możliwości Pataponów. Nowością w porównaniu do części poprzedniej jest pojawienie się Super Pataponów, które od zwykłych różnią się fryzurą, atakami i bronią. Produkt posiada możliwość rozgrywki wieloosobowej przez wi-fi dla maksymalnie ośmiu graczy.