Poszukując sposobu na uratowanie księżniczki Peach, Mario będzie przemierzał szereg różnorodnych i kolorowych lokacji, w których napotkamy ich zarówno przyjaźnie jak i wrogo nastawionych mieszkańców. Etapy skonstruowane są w dwóch lub trzech wymiarach. W wielu z nich, możemy zboczyć z utartej ścieżki i poszukać ukrytych skarbów czy monet.

W czasie rozgrywki Mario kolekcjonuje specjalne naklejki, które przyklejone na mapę świata odblokują mu drogę do nowych lokacji, poza tym, zapewnią też przewagę w walce z przeciwnikami. Same potyczki z wrogami odbywają się trybie turowym, w którym wydajemy komendy naszemu bohaterowi.

Twórcy Paper Mario zadbali o to by grafika gry, była jak najbardziej kolorowa i przywodziła na myśl najlepsze tytuły z Mario w roli głównej. Trójwymiarowe efekty jakie oferuje konsola 3DS, świetnie sprawdzają się w przypadku tego tytułu, dodając niesamowitej głębi wszystkim odwiedzanym przez nas miejscom.