Jest rok 1582. Świątynia Honnoji w feudalnej Japonii staje się areną walki pomiędzy słynnym wojownikiem Samanosuke Akechi i ożywieńczym demonem Nobunaga Oda. Zbliża się długo oczekiwany finał bitwy, która zadecyduje o losach świata.

Jest rok 2004. Spokojne, francuskie miasto zostaje ni stąd ni zowąd zaatakowane przez demony. W mgnieniu oka przeobraża się ono w koszmarne gniazdo potworów Genma, które rozpoczynają rzeź mieszkańców i stacjonujących nieopodal żołnierzy. Koniec świata wydaje się być nieunikniony. Na szczęście jest jeden człowiek, który przeciwstawi się złu i spróbuje przywrócić miastu należyty porządek.

Infantylna na pozór fabuła, ugruntowana jest na solidnych podstawach. Żeby powstrzymać zło, główni bohaterowie Onimushy: znany już Samanosuke Akechi i zupełnie nowy Jacques Branc, muszą odwiedzić obce im światy i tam poszukać recepty na zwycięstwo, przy okazji odkrywając, co tak naprawdę ich łączy. Dzięki systemowi „podwójnego bohatera”, produkt Capcom otwiera przed graczem zupełnie nowe horyzonty, oferując inny rodzaj rozgrywki, w zależności od tego, kim aktualnie steruje. Po raz pierwszy w historii serii, Onimusha oferuje tła zbudowane z polygonów, a co za tym idzie, pełen trójwymiar. Capcom postarał się o zaangażowanie do produkcji znane postacie. W rolę Jacquesa Branca wcielił się Jean Reno, natomiast Samanosukego, zagrał znany w Kraju Kwitnącej Wiśni Takeshi Kaneshiro. Obu panów sfilmowano przy pomocy techniki motion capture, zapewniając przy okazji zwiększony realizm poruszania się postaci, co w grach action/adventure ma duże znaczenie.