Akcja toczy się jakiś czas po wydarzeniach z pierwszej części. Dostępne jest wszystkie sześć nacji, znanych z pierwowzoru oraz rozszerzeń do niego. Dodatkowo wprowadzono jedną nową: Suul’ka. To prastara cywilizacja, która przez tysiąclecia potajemnie manipulowała losem młodszych ras. Jej pojawienie się znacznie zaburza równowagę sił w galaktyce. Jednym z rezultatów tego jest sytuacja w Imperium Zuul, które w momencie rozpoczęcia gry stoi na krawędzi wojny domowej. Połowa z jego mieszkańców wciąż widzi w Suul’ka pradawnych bogów, a reszta pragnie wyzwolić się spod panowania swoich dawnych panów. Z kolei ciężko doświadczona przez wojnę ludzkość spokorniała i jest teraz bardziej tolerancyjna w stosunku do obcych ras.

Gra dzieli się na część strategiczną i taktyczną. W tej pierwszej zarządzany naszym galaktycznym imperium. Podbijamy systemy, rozwijamy technologie, budujemy armie itd. Natomiast sfera taktyczna polega na toczeniu kosmicznych bitew w pełnym trójwymiarze. W porównaniu z poprzednikiem znacznemu przemeblowaniu uległy mechanizmy rozgrywki. Każda z ras już na starcie dysponuje bardziej zindywidualizowanym drzewkiem rozwoju technologicznego. Jednym z przykładów tego są kosmiczne statki klasy Leviathan - trzy razy większe niż znane z pierwowzoru Dreadnoughty.