Transformers: Wojna o Cybertron to oryginalna opowieść, która zabiera gracza w pełną akcji podróż w przeszłość, do czasów z przed przybycia Transformerów na Ziemię.Gra zawiera dwie odrębne opowieści: Autoboty: kampania opowiada o bohaterstwie i poświęceniu dla ratowania rodzinnej planet i Deceptikony: historia niepohamowanej żądzy władzy i panowania nad wszechświatem.