Bakugan: Rise of the Resistance jest hybrydą przygodowej gry RPG i tytułów z gatunku tower defense, której fabuła opiera się na popularnym w Stanach Zjednoczonych i Europie serialu animowanym.

Wydarzenia przedstawione w grze nie są bezpośrednią adaptacją scenariusza któregoś z sezonów serii telewizyjnej i przedstawiają całkowicie oryginalną historię. Nową Vestorię atakuje tajemnicza grupa bakuganów i ich trenerów. Tylko gracze, którzy wcielą się zarówno w Dana, głównego bohatera kreskówki, jak i w inne postacie znane z małego ekranu, są w stanie pokonać zagrożenie ze strony nieznanych najeźdźców. Żeby osiągnąć ten cel będą musieli pokonać 30 poziomów umiejscowionych w sześciu różnych lokacjach świata gry, wykorzystując przy tym 35 unikalnych bakuganów, nad którymi będą mogli przejąć kontrolę trakcie pojedynków rozgrywanych w czasie rzeczywistym. Co ważne, umiejętności każdego z posiadanych stworów można dowolnie modyfikować i ulepszać, a stosując ich różne kombinacje oraz strategie, powiększamy swoje szanse na zwycięstwo w walce z innymi trenerami i falami atakujących nas przeciwników.