Suwak zasilania obecny w DS Lite został zastąpiony przyciskiem. Z powodu większego stopnia zużycia energii żywotność baterii jest krótsza niż w przypadku DS Lite. Dodane zostało wejście na karty SD służące do zapisu zrobionych zdjęć, ściągniętego oprogramowania, a także odtwarzania z nich plików muzycznych (tylko w formacie AAC).

Wejście na kartridże Game Boy Advance zostało usunięte, przez co DSi nie jest wstecznie kompatybilny z Game Boy Advance. Nie można także używać akcesorii korzystających z wejścia Game Boy Advance. Nintendo DSi ma 256 megabajtów wewnętrznej pamięci Flash. System operacyjny konsoli Nintendo DSi jest zorganizowany w podobny sposób co system operacyjny konsoli Nintendo Wii, menu jest wyświetlane w postaci kanałów.