Gracz wciela się w postać tytułowego wojownika o imieniu Ryu. Aktualnie szuka on zemsty na Imperium Vigor, które doprowadziło do wymordowania jego klanu. Główny bohater musi pokonać dowodzącego wrogimi armiami Świętego Imperatora a także zdobyć obdarzony magicznymi właściwościami miecz Ryuken.

Główny bohater ukazywany jest z perspektywy trzeciej osoby przy czym w wielu miejscach kamera automatycznie zmienia swe położenia, tak aby ukazać akcję pod ciekawszym kątem. Kluczowy punkt programu stanowią oczywiście walki i to zarówno te wręcz, jak i przy użyciu jednej z kilku dostępnych modeli broni białej. W miarę wygrywania kolejnych starć Ryu poznaje nowe sztuki walki, dzięki którym szybciej i bardziej efektownie radzi sobie z napierającymi siłami wroga. Nie mniej istotną rolę odgrywa zdobywanie upgrade’ów do aktualnie posiadanej broni białej. Co ciekawe, prowadzona postać może rozwijać się na wiele różnych sposobów, dobór ścieżek zależy od indywidualnych decyzji gracza. Oprócz tradycyjnych przeciwników co kilka etapów pojawiają się wyjątkowo silni bossowie. Niektórych można pokonać tradycyjnymi metodami, zdarzają się jednak i tacy, których można zabić wyłącznie w określony sposób. Na samych walkach zabawa się jednak nie kończy, główny bohater musi również pływać czy też wykonywać liczne skoki. Z racji tego, iż elementy te są przeważnie dość trudne do wykonania gra skierowana jest w stronę bardziej doświadczonych osób.

Oprawa wizualna gry jest dopracowana, przede wszystkim tyczy się to głównego bohatera, którego ruchy oddano w najdrobniejszych szczegółach. Na uwagę zasługuje również zróżnicowane a na dodatek bogate w detale otoczenie. Na oprawę dźwiękową składają się przede wszystkim odgłosy walk, uwzględniono oczywiście, iż różne typy broni białej wydają unikatowe dźwięki. Przygotowano również dynamiczny soundtrack, muzyka pojawia się nie tylko w menu głównym, ale i podczas właściwej zabawy. „Ninja Gaiden” wykorzystuje Xbox Live!, dzięki któremu gracz może dołączyć swą postać do ogólnoświatowego rankingu najlepszych zawodników. Oprócz tego zawarto liczne bonusy, między innymi możliwość odblokowania dodatkowych strojów czy galerii postaci.