Ninja Gaiden II to gra akcji, w której gracz kieruje wojownikiem ninja. Główną postacią gry jest wojownik ninja (Ryu Hayabusa), który wyruszył na misję, której celem jest pomszczenie zniszczonego przez wrogów klanu i uratowanie świata. Z wioski będącej siedzibą klanu skradziono bowiem artefakt, który w połączeniu z innymi podobnymi mu przedmiotami sprowadzi na Ziemię hordy demonów i pogrąży planetę w wiecznej ciemności. Rozgrywka toczy się w różnych lokacjach, takich jak: Tokio, Nowy Jork czy podziemna kraina demonów. Podstawą zabawy jest prowadzanie postaci wojownika Ryu Hayabusa do walki z rozmaitymi przeciwnikami. Bohater wykorzystuje kilkanaście rodzajów broni białej, takich jak miecze, łańcuchy czy włócznie. Gra posiada kilka poziomów trudności oraz trójwymiarową, dopracowaną grafikę ukazującą rozgrywkę z perspektywy trzeciej osoby.