Natto występuje na liście najzdrowszych produktów na świecie.

Enzym nattokinaza, występujący jedynie w natto, oczyszcza krew, rozpuszcza skrzepy (jest bezpieczniejszym i silniejszym środkiem niż aspiryna), zmniejsza poziom cholesterolu, w wyniku czego obniża zbyt wysokie ciśnienie krwi oraz poziom cukru we krwi, niedopuszczając do poważnych związanych z tym chorób. Natto wspaniale również oczyszcza jelita z nagromadzonych w nich złogów, usuwa substancje toksyczne mogące powodować powstawanie komórek rakowych, przywraca normalną mikroflorę, pomocne jest przy zaparciach (ułatwia wypróżnianie i zapewnia odpowiednią wilgotność i objętość stolca), poprawia przemianę materii, wspomaga odchudzanie. Ponadto zapobiega zatruciu organizmu, którego przyczyną jest zarówno palenie papierosów, jak i spożywanie alkoholu (nie dopuszcza do efektu tzw. kaca). Zawiera dziesięciokrotnie więcej witaminy K niż szpinak, która odgrywa znaczącą rolę przy formowaniu kości, a dzięki witaminie K2 zapobiega osteoporozie. Korzystnie wpływa na poprawę kondycji skóry i włosów. Prócz tego właściwości przeciwstarzeniowe witaminy E pomagają zwalczyć na skórze oznaki upływu czasu. Naturalny estrogen zawarty w sfermentowanej soi pomaga w złagodzeniu skutków menopauzy u kobiet. Jest także idealne dla panów po pięćdziesiątce - chroni bowiem przed przerostem i nowotworami prostaty.