Niniejszy tytuł odznacza się zupełnie nową, niespotykaną dotąd fabułą. Zadanie użytkownika w głównej mierze skupia się na pokonaniu starożytnej organizacji, która po wielu wiekach nieobecności powraca do życia. Jej przedstawiciele zamierzają przejąć władzę i zaprowadzić terror na skalę globalną. Tylko Naruto i jego towarzysze są w stanie przeciwstawić się totalitarnym zapędom owej organizacji.

Do dyspozycji gracza oddano rozbudowany wachlarz postaci, doskonale znanych miłośnikom wspomnianego cyklu. Poza tytułowym bohaterem w ich szeregach znajduje się również Shikamaru, Rock Lee, Kakashi, Guy, Sasuke i Choji. Każdy z nich cechuje się indywidualnym stylem walki oraz posiada unikalne umiejętności. Takie elementy, jak zręczność, szybkość, siła i ciosy specjalne, rozwija się w miarę sukcesywnego zdobywania kolejnych punktów.

Pokonując każdy z szesnastu rozbudowanych poziomów użytkownik wykorzystuje szeroki arsenał broni oraz posługuje się licznymi ciosami wykończeniowymi (poszczególne postaci odznaczają się własnymi atakami). W trudnych sytuacjach ma się sposobność skorzystania z pomocy jednego z towarzyszy, przyłączającego się do walki lub dostarczającego niezbędne power-upy. Za każde wygrane starcie otrzymuje się adekwatną ilość pieniędzy.

Developerzy uraczyli fanów serii szerokim spektrum trybów, wśród których pojawia się zarówno moduł zabawy w pojedynkę, jak również system wieloosobowy. W multiplayerze graczom pozwolono nie tylko na rywalizowanie między sobą, ale również dano im sposobność do współpracy. Z tego też względu niniejsza pozycja oferuje sześćdziesiąt wymagających misji (z czego 10 składa się na fabułę, a pozostałe 50 to dodatkowe zadania niepowiązane z opowiedzianą historią) oraz siedem unikalnych mini-gier.