Rozgrywka w Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3 po raz kolejny opiera się na dwóch głównych trybach. Pierwszym z nich jest bijatyka, w której wcielamy się w najpopularniejsze postaci stworzone przez Masashi’ego Kishimoto i walczymy na trójwymiarowych arenach. Gracze mają do wyboru większość postaci znanych z kart mangi. Każdy ninja posiada odmienny styl walki, oraz własną gamę niezwykle widowiskowych ataków specjalnych.

Oprócz niczym nieskrępowanych walk między dowolnymi postaciami w grze znajduje się również tryb fabularny. To właśnie w nim gracze mogą eksplorować uniwersum Naruto i wziąć udział w najsłynniejszych walkach znanych z kart mangi. Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm 3 opowie historię aż do momentu inwazji Dziewięcio-ogoniastego na Wioskę Liścia (w mandze i anime przedstawionej jako retrospekcja). Dzięki temu gracze będą mogli wcielić się m.in. w Trzeciego Hokage, który walczy z Kyuubim oraz Czwartego Hokage stającego naprzeciwko Tobi’ego.

Twórcy po raz kolejny zastosowali sprawdzony styl graficzny. Technika cel shading, stylizowana na anime, idealnie odwzorowuje specyficzny styl japońskiej animacji. Dzięki temu gracze mają wrażenie, że oglądają kolejny odcinek ulubionego serialu.

Tryb gry: single / multiplayer