Ultimata Shippuden Ninja Storm 2 pozwala wziąć w udział w niezliczonej serii pojedynków między ponad czterdziestoma postaciami znanymi z serii Shippuden (oraz jedną postacią z Tekken 6 na gościnnych występach w tej odsłonie serii). Bo to właśnie efektowne pojedynki, pełne eksplozji, niewykonalnych ewolucji i przepotężnych ciosów są trzonem Ultimate Ninja Storm 2. Prócz zwykłego trybu pojedynkowego (urozmaiceniem zabawy w tym trybie jest system postaci wspomagających – gracze mogą wezwać w dowolnym momencie na pomoc sprzymierzeńca), w grze znajduje się także prosty tryb fabularny (w stylu jRPG). Skupia się on na przygodach Naruto i Sasuke, pozwalając przeżyć największe pojedynki znane z serialu. Przez cały czas rozwijamy wybraną przez siebie postać, która zyskuje nowe combosy i moce jutsu (bardzo silne ataki wymagające naładowania specjalnego paska energii). Niezliczone walki ze zwykłymi oponentami są przeplatane efektownymi starciami z bossami oraz cut-scenkami.

W grze znajdują się 23 interaktywne i poddające się zniszczeniom plansze, na których toczą się pojedynki. Ultimate Ninja Storm 2 wprowadza nowość do serii - tryb kooperacji dla 4 graczy. Prócz niego rozgrywki wieloosobowe to trzy główne tryby: mecz rankingowy (walcz z graczami z całego świata i pnij się w górę rankingu), mecz zwykły (gdzie wyzywamy do walki jednego gracza ustalając zasady pojedynku) oraz system rankingowy, w którym porównuje się własne umiejętności z wszystkimi pozostałymi żywymi graczami. Niezmienna oczywiście pozostała wysokiej jakości oprawa graficzna – stylizowana na japońską animację, trójwymiarowa grafika zachowała styl znany z poprzedniej odsłony, dodając przy okazji garstkę miłych dla oka efektów.