Rozgrywka w Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm Generations po raz kolejny opiera się na dwóch głównych trybach. Z jednej strony mamy bijatykę, w której wcielamy się w najpopularniejsze postaci stworzone przez Masashi’ego Kishimoto. Wśród nich znaleźli się zarówno wojownicy grającymi pierwsze skrzypce w oryginalnym cyklu, jak i ci, którzy pojawili się dopiero w sadze Shippuden. Każdy ninja posiada odmienny styl walki oraz własną gamę ataków specjalnych. Najsilniejsze z nich mogą spowodować ogromne obrażenia u wroga lub przeobrazić naszą postać. Dzięki temu wojownik, którym sterujemy staje się znacznie potężniejszy.
W grze znajduje się również tryb fabularny, w którym przyjdzie nam wziąć udział w najsłynniejszych walkach znanych z kart mangi. Kampania została podzielona na historie poszczególnych postaci – wiele z nich ujawnia pewne nieznane dotąd informacje na ich temat. Zmieniła się sama prezentacja fabuły. Zamiast świata, który można eksplorować otrzymujemy proste komiksy, narrację oraz animacje. Sama rozgrywka sprowadza się więc tylko i wyłącznie do potyczek między postaciami. Historia opowiedziana w Naruto Shippuden: Ultimate Ninja Storm Generations obejmuje wydarzenia aż do spotkania Pięciu Kage.
Twórcy Ultimate Ninja Storm Generations nie zmienili za bardzo systemu walki, ale wprowadzili do niego parę pomniejszych nowinek. Modernizacje dotyczą między innymi wykorzystania tak zwanych „drewienek” (pozwalających uniknąć ciosu przeciwnika) oraz specjalnych ataków (teraz postacie mogą przyjmować potężne formy). W trybie multiplayer znaczenie mają karty modyfikujące właściwości bohaterów. Po raz kolejny postawiono na sprawdzony styl graficzny. Dzięki technice cel shading gra niemalże idealnie odwzorowuje specyficzny styl anime ceniony przez miliony fanów na całym świecie.