Seria Super Monkey Ball zadebiutowała w 2000 roku na automatach do gier, by w następnych latach zawitać na kolejne platformy sprzętowe, w tym konsole GameCube, Nintendo Wii i Nintendo DS. Super Monkey Ball 3D to dzieło wewnętrznego studia deweloperskiego firmy SEGA pod kierownictwem Toshihiro Nagoshiego. Gra stworzona została z myślą o technicznych możliwościach kieszonkowej konsoli Nintendo 3DS, w tym trójwymiarowym wyświetlaczu i wbudowanym żyroskopie.
Głównymi bohaterami Super Monkey Ball 3D są cztery małpki – Aiai, Meemee, Baby i Gongon. Różnią się one nie tylko wyglądem, ale również specjalnymi umiejętnościami. Podobnie jak we wcześniejszych grach z tego cyklu, zadaniem graczy jest zebranie jak największej ilości bananów w określonym czasie.
W grze dostępne są trzy tryby rozgrywki. Klasyczny, przeznaczony wyłącznie do zabawy solowej, to labirynt, po którym małpki turlają się w przeźroczystych kapsułach. Po drodze muszą zebrać jak największą liczbę bananów pojawiających się w różnych miejscach.
Dwa pozostałe tryby umożliwiają grę jedno- lub wieloosobową. W zmaganiach może uczestniczyć maksymalnie 4 graczy połączonych w lokalną sieć za pośrednictwem wbudowanego w konsole modułu wi-fi. Tryb „Monkey race” to wyścig, w którym małpki ścigają się po torze przeszkód w zwariowanych pojazdach. Z kolei „Monkey fight” jest bijatyką wzorowaną na serii Super Smash Brothers.
Sterowanie w grze korzysta z rozwiązań zaimplementowanych w Nintendo 3DS, w tym żyroskopu oraz analogowego kontrolera Circle-Pad.
