Myszka Miki i jego przyjaciele zaskoczeni burzą, trafiają do domu, w którym straszy. Gdy tylko przekraczają próg, drzwi zatrzaskują się z hukiem za ich plecami. Aby wydostać się z pułapki, przyjaciele muszą zdobyć sześć kluczy, które są nagrodami za poprawne wykonanie zadań. Szybko okazuje się, że dom, który wygląda na niezamieszkały, wcale nie jest pusty. Mieszkają tam trzy sympatyczne duchy – Gustaw, Teodor i Bazyl, które lubią czasami zaskakiwać i żartować sobie z gości. Ale równie chętnie pomagają w rozwiązaniu zadań i odnalezieniu kluczy. W kolejnych zadaniach dzieci pomagają Goofy’emu uporządkować podpisy w galerii na piętrze i poukładać na miejsce książki w bibliotece, razem z Myszką Miki i Pluto porządkują pomieszane elementy zbroi rycerskiej, a wraz z Donaldem ratują piwnicę przed zalaniem i odkurzają stare organy, aby zagrać zadane przez duchy melodie. Podczas tej zabawy dzieci doskonalą umiejętności językowe i matematyczne, ćwiczą umiejętność koncentracji uwagi i logicznego myślenia, rozwijają pamięć i umiejętność wykonywania poleceń ze słuchu. Każde zadanie w grze Naukowe potyczki z duchami dostosowuje się automatycznie do umiejętności gracza, oceniając jego możliwości i optymalnie ustawiając poziom trudności.