Główna oś fabuły jest liniowa, ale twórcy postarali się o wiele ciekawych zwrotów akcji, zaimplementowali też w grze system losowo generowanych questów. Prócz początkowych dwóch postaci gracz może dołączyć do prowadzonej drużyny kolejne cztery osoby (maksymalnie sześć osób w teamie), które mogą być zarówno tytułowymi replikantami, jak i cyborgami, mutantami bądź nomadami. Oczywiście rasy te różnią się znacznie od siebie i przedstawiciel każdej z nich posiada jakieś szczególne umiejętności, np. cyborgi nie mają sobie równych w walce, mutanci są ekspertami w leczeniu, a nomadzi potrafią się doskonale kamuflować. Tylko od gracza zależy, czy będzie chciał z konkretnymi rasami walczyć, czy też zdecyduje się być ich sojusznikiem. Taki wybór ma oczywiście wpływ na przebieg gry, bowiem wrogo nastawione do głównych bohaterów postaci z pewnością nie pomogą im w podróży, nie zlecą zadań do wykonania itp.

Naturalnie prowadzone przez gracza postaci rozwijają się w trakcie gry - za pokonanie wrogów i wykonanie różnych zadań otrzymują punkty doświadczenia, dzięki którym mogą awansować na kolejne poziomy. Każdy bohater jest opisywany przez szesnaście cech (siłę, zręczność, inteligencję, etc.), które wpływają na to, jak radzi sobie w konkretnych sytuacjach. Na zdolności postaci mają również wpływ implanty (400 rodzajów), które można zdobyć i wykorzystać – niektóre zwiększają umiejętności bojowe, inne pozwalają się teleportować itd. Należy jednak pamiętać o tym, że implanty to nie ubranie i nie da się ich błyskawicznie zakładać oraz ściągać – konieczne jest znalezienie osoby, która się na tym zna i potrafi je prawidłowo „zainstalować” w ciele.

W trakcie podróży bohaterowie zwiedzają blisko 70 różnych lokacji, pomiędzy którymi można poruszać się przy pomocy mapy świata. Dodatkowo pojawiają się tu również losowe lokacje, gdy drużyna zostanie zaatakowana w trakcie wyprawy. Kiedy tylko dochodzi do walki, gra przechodzi w turowy system potyczek, dzięki czemu można odpowiednio planować swoje posunięcia. Każdy bohater otrzymuje wtedy odpowiednią ilość punktów akcji i od gracza zależy, w jaki sposób tę pulę zużyje. Postać może więc skorzystać z jednego z 60 rodzajów broni i zaatakować wroga, schować się, uciec, etc. Generalnie cały system walki mocno przypomina ten znany z gry Jagged Alliance. Autorzy postarali się jednak odpowiednio zbalansować grę, więc nie ogranicza się ona jedynie do walki, równie ważną rolę pełni tu dyplomacja.