Trinity (Carrie-Ann Moss) czuwa nad Neo, który znalazł się w stanie śpiączki. W tym samym czasie Morfeusz (Laurence Fishburne) zmaga się z objawieniem, że Ten, komu zaufał, okazał się po prostu systemem sterowania wynalezionym przez architektów Matrix. Gdy Armia Maszyn próbuje zniszczyć Zion jej obywatele organizują agresywną obronę. Czy będą w stanie prowadzić walkę z nieustraszonymi Wartownikami, aż Neo odzyska pełnię swoich mocy i zakończy wojnę?

W finale trylogii Matrix, Neo (Keanu Reeves) podejmuje kolejny krok w poszukiwaniu prawdy. To początek jego podróży do rzeczywistego świata i powstania Matrix. Jednak podróż między światami wyczerpuje jego siły i rzuca na Ziemię Niczyją - między Świat Matrix a Świat Maszyn.