Sam sposób rozgrywki pozostał niezmieniony w stosunku do poprzedniej części. W pierwszej kolejności wybieramy kapitana spośród dwunastu dostępnych postaci (m.in.: Mario, Wario, księżniczka Peach, Bowser czy Donkey Kong), by następnie uzupełnić zespół trzema zawodnikami z grupy dwudziestu postaci. Wybór kapitana jest o tyle istotny, iż zagrzewa drużynę do walki, posiada super strzał zwany Mega-Strike’iem oraz dysponuje zestawem specjalnych cech i umiejętności, które niejednokrotnie przechylają szalę zwycięstwa na korzyść jego drużyny. Kiedy nasz zespół jest gotowy do walki, przystępujemy do udziału w kolejnych turniejach, w których zarówno walczymy o najwyższe trofea, jak i podnosimy statystyki naszej piłkarskiej ekipy.