Tym razem do akcji wkracza nowe pokolenie! Marissa Cortez Wilson (Jessica Alba) jest żoną znanego reportera telewizyjnego (Joel McHale), mamą pewnego malucha i macochą inteligentnych bliźniąt Rebecci (Rowan Blanchard) i Cecila (Mason Cook). Domową sielankę zakłóca szalony Timekeeper (Jeremy Piven), który chce przejąć władzę nad światem. Marissa jako agent specjalny w stanie spoczynku zostaje powołana do służby. Koniec świata jest coraz bliżej, a do akcji wkraczają też Rebecca i Cecil! Z małą pomocą innych Małych Agentów Carmen (Alexa Vega), Juni (Daryl Sabara) i ich wiernego psa Argonauty (Ricky Gervais) oraz kilku wymyślnych gadżetów są gotowi, żeby ocalić świat.