Madagaskar to produkt o charakterze zręcznościowym, który przygotowano z myślą o najmłodszych użytkownikach komputerów. Fabuła gry nawiązuje do filmu animowanego pod tym samym tytułem, który powstał wysiłkiem studia Toys for Bob (znanego m.in. z zabawnej strategii czasu rzeczywistego o nazwie The Horde).

Głównymi bohaterami programu są zwierzęta spędzające swój nudny żywot na pobycie w nowojorskim ogrodzie zoologicznym. Akcja nabiera rozpędu, kiedy jedno z nich – zebra o imieniu Marty – postanawia wyzwolić się z oków niewolnictwa i korzystając z pomocy grupy pingwinów wydostaje się poza obręb placówki. Wraz z nim wymykają się inne zwierzęta, które niedługo potem zostają złapane. W trakcie transportu statkiem do Afryki, gdzie zwierzęta miały zostać zwrócone naturze, dochodzi do porwania okrętu przez nieloty, a całe towarzystwo ląduje na tytułowej wyspie, gdzie czekają oczywiście zupełnie nowe i fascynujące przygody. Gra podzielona jest na jedenaście etapów, do których dostęp uzyskujemy kolejno, wraz z rozwojem fabuły. W każdym scenariuszu prowadzimy na zmianę jedno ze zwierząt i staramy się wykonać powierzone przez program cele misji. Nie są to skomplikowane czynności, ale oprócz typowo zręcznościowych zadań, w Madagaskar znajdziemy również proste zagadki o charakterze logicznym.

W Madagaskar każde ze zwierząt dysponuje unikalnymi cechami, co bardzo urozmaica rozgrywkę. Zebra Marty polega na sile swoich kopyt, którymi może unieszkodliwiać przeciwników, przesuwać przedmioty oraz otwierać zamknięte przejścia. Lew Alex korzysta nie tylko z potężnego ryku, ale również z fantastycznych łap, które pozwalają mu na oddawanie wysokich skoków. Hipopotamica Gloria jest z kolei mistrzem sprintu (zwłaszcza jeśli zje ulubioną paprykę), natomiast żyrafa Melman może zamienić swoje nogi w śmigło, co pozwala dłużej utrzymać mu się w powietrzu. Od czasu do czasu wcielimy się również w rolę pingwinów, którzy wykonują misje o charakterze szpiegowskim, używając przy tym zlokalizowanych w najbliższej okolicy przedmiotów.

Oprócz tradycyjnych zadań, w grze dostępne są również mini-gry, które należy odblokować w sklepie, uiszczając odpowiednio wysoką opłatę ze zbieranych w trakcie zmagań monet. Wszystkie dodatkowe zadania to proste gry zręcznościowe, w których może uczestniczyć nawet parę osób naraz. Jest to jedyna możliwość w Madagaskar, aby zmusić program do pracy w trybie multiplayer.

Madagaskar został przygotowany z wykorzystaniem grafiki trójwymiarowej. Oprawa wizualna jest bardzo kolorowa i pokrywa się z tym, co możemy zobaczyć w filmie animowanym. Niestety, autorzy nie uzyskali zgody na skorzystanie z usług aktorów, podkładających wokale w pierwowzorze, dlatego wszystkie postaci przemawiają z ekranu zupełnie innym głosem.