Scenariusz opowiada o losach czterech zwierząt: Aleksa (lew), Marty’ego (zebra), Glorii (hipopotam) i Melmana (żyrafa), które dotychczas spokojnie żyły na terenie nowojorskiego ogrodu zoologicznego. Pragnienie wolności okazało się silniejsze i postanowiły opuścić mury ZOO. Zamiast do Afryki, bohaterowie gry trafiają na tytułową wyspę Madagaskar położoną w pobliżu Czarnego Lądu...

W czasie rozgrywki osoby siedzące przed telewizorami kierują na przemian wszystkimi zwierzętami, znanymi z ekranu kinowego, wykonując mniej lub bardziej skomplikowane czynności. Każdy zwierzak posiada typowe dla siebie umiejętności. Aleks umie atakować wrogów pazurami, zastraszać ich głośnym rykiem, czy też daleko skakać. Marty potrafi wskakiwać na wysoko położone, niedostępne dla pozostałych miejsca, umie kopać oraz czołgać się pod przeszkodami. Gloria swoją dużą masą rozbija ruchome przeszkody i duże grupy rywali, Melman zaś wykorzystuje do różnych celów swoją długą szyję i umie robić efektowny obrót a’la helikopter.

Jedenaście epizodów, dostępnych w Madagascar, rozgrywa się na lokacjach znanych z animowanego filmu. Przygoda rozpoczyna się w ZOO, później przenosi się na ulice Nowego Jorku i na egzotyczną wyspę. Gracze mogą decydować, jak chcą zakończyć dany odcinek gry i przy okazji odblokowują również rozmaite bonusy (inne dla każdego zwierzęcia).

Oprawę graficzną wykonano w pełnym trójwymiarze. Kolejne wydarzenia prezentowane są z perspektywy trzeciej osoby (widok TPP, czyli zza pleców prowadzonej postaci), aczkolwiek można dowolnie obracać kamerę. W angielskiej wersji językowej gry zwierzęta przemawiają głosami aktorów znanych z filmowego odpowiednika (m.in. Ben Stiller).